Doktor Gottfried van Swieten
Kao mogući ubojica se spominje i bečki doktor Gottfried van Swieten koji je bio jedan od pionira u liječenju sifilisa živom. Poznato je da je Mozart često prisustvovao nedjeljnom ručku u Swietenovoj kući. Tako da je postojala mogućnost kroničnog trovanja. Međutim, u toj teoriji je upitan važan element krivnje, a to je motiv ubojstva. Ipak, ponašanje doktora van Swietena nakon Mozartove smrti je bilo sumnjivo. Doktor van Swieten je na sebe preuzeo svu brigu oko pokopa Mozarta i odgovoran je za njegov i suviše skroman i nedostojan pokop.
Za osobu renomea i bogatstva baruna von Swietena Mozartov pokop je trebao biti puno prikladniji. Teorija da su Mozarta otrovali masoni počiva na Mozartovom djelu “Čarobna frula” i na broju “18.” U “Čarobnoj fruli” Mozart je izdao 18 tajnih rituala masona, što bi moglo imati za posljedicu trovanje Mozarta živom. Na dan 18. studenog 1791. godine u Mozartovoj masonskoj loži je po prvi puta izvedena Masonska kantata koju je činilo 18 stranica partiture, a Mozart je umro 5. prosinca. Točno 18 dana nakon praizvedbe kantate, što bi moglo upućivati na to da su masoni precizno odredili dan njegove smrti.
Međutim, masonima broj “18” ništa ne predstavlja i masoni nemaju nikakve veze s alkemijom. Naručivanje rekvijema od strane nepoznatog naručitelja se također pripisuje masonima. Mozartu je navodno rečeno da komponira rekvijem da bi ga se mučilo prediskazanjem smrti, dok je u njemu polagano počinjao djelovati otrov. Istina je, ipak, potpuno drugačija: grof Franz von Walsegg-Stuppach je naručio rekvijem sebi u čast.
Medicinska teorija
Pređimo sada na medicinske teorije Mozartove smrti. Smrt zbog brzo progredirajuće tireotoksične krize, na primjer, potvrđuje kasni Mozartov portret na kojem je očit egzoftalmus. Njegov nemir i znaci arterijske hipertenzije mogu se dovesti u vezu s hipertireoidizmom. Ta teorija upućuje na njegove primarne simptome, ali ne i na kasne simptome neposredno prije smrti. Mogućnost uznapredovalog sifilisa proizlazi zbog Mozartovog turbulentnog života. Međutim, njegova žena Constanze je umrla 1842. godine, dakle, 51 godinu nakon njega i nakon što je rodila petero zdrave djece. Da je njen muž imao sifilis i ona bi imala konsekvence. U Mozartovu pismu 44 dana prije smrti se spominje da je jeo svinjski kotlet. U to doba je u Beču harala nepoznata epidemija, možda baš trihineloze. Po toj teoriji Mozart je umro od komplikacija progresivne trihineloze nakon tri tjedna inkubacije.
Progredirajuća bubrežna bolest
Ipak, najvjerojatnije je prerana Mozartova smrt posljedica kronične, sporo progredirajuće bubrežne bolesti s fatalnim ishodom. Ono što je tipično za bubrežnu bolest, u početku simptomi nisu bili prisutni. Početno oštećenje bubrega nije utjecalo na njegov život i radnu sposobnost. Sve do izvjesnog stupnja kada kronično bubrežno oštećenje rezultira uremijom i smrću, a to može biti i u četvrtom desetljeću života. Takvi bolesnici su svjesni blizine svoje smrti i padaju u depresiju pred kraj života. Okolina bolesnika može u zraku osjetiti miris amonijaka. Kada je Mozart imao samo sedam godina, tijekom prvog boravka u Beču, prebolio je šarlah. Kronični problemi sa zubima su ga pratili cijeli život.
Njegov otac je napisao: ”Tih dana Wolfgang je imao uobičajene probleme sa zubima.” Kronična žarišna infekcija zubnog korijena je mogla dovesti do bakterijemije i kasnijeg oštećenja bubrega. U dva navrata, 1763. i 1766. godine je imao pogoršanja reumatizma zglobova. 1965. godine je kao 9-godišnjak prebolio trbušni tifus, a sljedeće godine je imao vodene kozice koje su kod njega trajno ostavile ožiljne promjene na koži.
Nizak rast, upadljivo veliki nos, kongenitalna deformacija lijevog uha i ožiljne promjene nakon vodenih kozica su bili razlogom kasnijih razdoblja depresije. 1769. godine je na putovanju u Italiju zadobio ozebline šaka i lica. Veliki su napor predstavljala putovanja u negrijanim kočijama i česti boravci u slabo grijanim sobama usputnih svratišta. 1784. godine se spominju recidivne renalne kolike sa žestokim bolovima i povraćanjem. Zadnjih godina života ima česte glavobolje, krvarenje iz nosa, teškoće u koncentraciji i depresije.