Polipektomija je medicinski zahvat kojim se endoskopski uklanjaju polipi – izrasline na sluznici probavnog sustava, najčešće u debelom crijevu (kolon) ili želucu. Polipi su u većini slučajeva dobroćudni, ali neki mogu imati potencijal za zloćudnu transformaciju, stoga je njihovo pravovremeno otkrivanje i uklanjanje ključno za prevenciju raka probavnog sustava.

Zahvat se izvodi tijekom kolonoskopije ili gastroskopije. Za uklanjanje polipa koristi se posebna omča, „hladna” ili „vruća” (spojena na elektrokiruršku jedinicu), ovisno o veličini polipa. Polipektomija je u pravilu bezbolna procedura.  Odstranjeni polipi šalju se na patohistološku analizu.